Die Aufgabe des Ministeriums besteht darin, die bildungspolitischen Entwicklungen auszugleichen und Bedingungen und Voraussetzungen zu schaffen, um die Möglichkeiten des lebenslangen Lernens für jeden estnischen Bürger in einer innovativen und entwicklungsorientierten Gesellschaft sicherzustellen.

Das Ministerium für Bildung und Forschung entwickelt Estlands Bildungs-, Forschungs-, Sprachpolitik und Jugendbereich. Es erarbeitet Gesetzesentwürfe zur Umsetzung und Entwicklung der Bildungs-, Forschungs-, Jugend-, Sprach- und Archivpolitik.

Das Ministerium für Bildung und Forschung ist für die Formulierung und Aufrechterhaltung nationaler Standpunkte zur Entwicklung und Umsetzung von EU-Rechtsvorschriften zuständig, die Fragen der Bildungs-, Wissenschafts-, Jugend- und Sprachpolitik betreffen. Die Zusammenarbeit zwischen Estland und der EU findet in erster Linie in Arbeitsgruppen der Europäischen Kommission und des EU-Rates statt.

Zusätzlich zu den genannten Formaten nimmt Estland auch am Programm für allgemeine und berufliche Bildung, Jugend und Sport „Erasmus+“ und am Rahmenprogramm für Forschung und Innovation „Horizont 2020“ teil.